该系统中城市风暴潮三维展示分系统由解放军信息工程大学和苏州市数字城市工程研究中心有限公司负责完成，本分系统由基础地理环境生成子系统、风暴潮的演进过程仿真子系统、风暴潮流场仿真子系统组成，其他各个分系统的结果均由该分系统的三维可视化功能进行模拟显示。该分系统基于数字高程数据（DEM）和数字正射影像（DOM）建立地理环境三维基础平台，在此基础上对的淹没地域的洪水和流场进行模拟，用动态可视化的方式展现城市的淹没风险，从而为灾害预防和减灾提供定量定性的辅助决策服务。
借助现实城市区域DEM数据、卫星影像数据搭建的场景模型，可以直观了解沿海城市地区的地形起伏情况、城市建筑物的分布情况、城市公共设施的分布、城市部分的绿化情况以及城市的交通线路情况。通过对遭遇海洋风暴潮洪水袭击后洪水水位、水流速度、堤坝渐进溃堤的场景动态模拟，实时观察到洪水演进对城市建筑物和市政公共设施的淹没过程和影响范围，为风暴救灾小组快速做出抗灾应急预案、组织受灾人员迅速撤离等决策提供重要依据，对保护国家财产、人民安全起到了积极的作用。该系统最后得到专家组高度评价，一致认为其综合技术在国内处于领先、达到国际先进水平，具有很高的实用性。
